公司总部厂区坐落于北大生物城内。厂房面积近1万平方米, 其中包括办公室、 甲肝疫苗生产车间、流感疫苗生产车间及分包装中心。

甲型肝炎灭活疫苗生产车间的设计由欧洲著名公司承担,符合中国药品生产质量管理规范(GMP),达到美国 FDA GMP 规范的标准。厂房采用世界先进水平的公用工程设备及工艺设备,安装和调试聘请欧洲专业医药工程公司承担“交钥匙工程”。同时聘请了美国FDA认可的GMP验证咨询公司-SVS公司进行生产车间的验证,并取得验证证书,同时获得国家药品食品监督管理局颁发的GMP认证证书。该车间于2001年底投入使用,可承担甲型肝炎灭活疫苗孩尔来福®与甲型乙型肝炎联合疫苗倍尔来福®的生产。

流感裂解疫苗生产车间建筑面积3335平米,按照GMP要求设计和建设,采用国内外先进的设施和设备,并经过验证。该车间于2005年10月获得GMP证书。可承担流行性感冒裂解疫苗安尔来福™、大流行流感病毒灭活疫苗盼尔来福®以及甲型H1N1流感疫苗盼尔来福.1™的生产。

国家发改委出资支持北京科兴扩大大流行流感疫苗的生产能力,2008年新建生产能力达到2000万支的全自动分包装车间,2009年2月获得药品GMP证书。该车间可用于公司现有疫苗产品的分包装。

2010年北京科兴出资购收购了昌平新疫苗产业基地。该基地位于北京市昌平区智通路15号,占地面积2.9万余平方米,现有建筑面积3.2万余平方米。北京科兴计划在未来2-3年投资建设两条疫苗生产线和一个分包装车间,用于流感类疫苗产能的扩大及未来新疫苗产品的产业化。预计项目建设完成后可实现年产4000万剂以上疫苗的目标。昌平基地建设完成后将大大提升公司疫苗产业化能力,为顺利实现公司下一阶段的发展目标奠定坚实的基础。 

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